Weka: l‘approccio intelligente all‘esplorazione dei dati

II parte: preprocessamento e classificazionedi e

In questo articolo esamineremo il processo di estrazione della conoscenza, noto in letteratura col nome di Knowledge Discovery to Data (KDD), analizzando come viene implementato nel framework Weka. Daremo una breve panoramica delle metodologie di preprocessamento e classificazione presenti all‘interno del framework fornendo un semplice esempio pratico del modo in cui queste possano essere utilizzate all‘interno del nostro codice Java.

Il processo per l‘estrazione di conoscenza dai dati

I sistemi classici di memorizzazione dei dati, i DBMS (DataBase Management System), offrono un‘ottima possibilità  di memorizzazione e accesso ai dati con sicurezza, efficienza e velocità  ma non permettono un‘analisi per l‘estrazione di informazioni utili come supporto alle decisioni. Solo negli ultimi anni sono apparse tecnologie in grado di svolgere questo compito, grazie al contributo di diverse discipline quali gli studi su intelligenza artificiale, reti neurali, statistica, apprendimento automatico.
Queste tecnologie, applicate alle basi di dati, sono conosciute con i termini di Knowledge Discovery, Knowledge Extraction, Data Archaeology, Data Mining. [1] [4]
Questi termini descrivono, almeno in parte, il concetto di "knowledge discovery in databases" (KDD) inteso come processo per l‘estrazione di informazioni, o meglio di conoscenze, da grosse quantità  di dati. Ecco una definizione comunemente usata: [4]

Per "data mining" si intende il processo di selezione, esplorazione, e modellazione di grandi masse di dati, al fine di scoprire regolarità  o relazioni non note a priori, e allo scopo di ottenere un risultato chiaro e utile al proprietario del database.
Il processo per il KDD è costituito da un numero di stadi interattivi che manipolano e trasformano i dati per riuscire a estrarre delle informazioni utili. Nel 1996 Usama Fayyad, Piatetsky-Shapiro e Smyth identificarono cinque passi nel processo per il KDD che di seguito elenchiamo con particolare attenzione allo stadio del Data Mining:

  • Selezione: i dati grezzi vengono segmentati e selezionati secondo alcuni criteri al fine di pervenire a un sottoinsieme di dati, che rappresentano il "target data" o dati obiettivo.
  • Preprocessamento: la fase di pulizia dei dati ("data cleaning") che prevede l‘eliminazione dei possibili errori e la decisione dei meccanismi di comportamento in caso di dati mancanti.
  • Trasformazione: quando i dati provengono da fonti diverse, è necessario effettuare una loro riconfigurazione al fine di garantirne la consistenza.
  • DataMining: apprendimento mediante classificazione. Questo schema di apprendimento parte da un insieme ben definito di esempi di classificazione per casi noti, dai quali ci si aspetta di dedurre un modo per classificare esempi non noti.
  • Interpretazione: il sistema di astrazione per la classificazione crea dei pattern, ovvero dei modelli, che possono costituire un valido supporto alle decisioni. Non basta però interpretare i risultati attraverso dei grafici che visualizzano l‘output della classificazione, ma occorre valutare questi modelli e cioè capire in che misura questi possono essere utili.

Figura 1 - Processo di estrazione della conoscenza

In questo articolo esploreremo con l‘aiuto di Weka [2] [3] il processo di selezione, preprocessamento e classificazione.

Algoritmi per la selezione

Esistono varie modalità  di selezione degli attributi. Alcune considerano un attributo alla volta e determinano la misura della sua significatività  in base alla capacità  di discriminare una classe da un‘altra. Altre considerano invece una collezione di attributi e ne valutano l‘efficacia complessiva.
Possiamo prendere come set di dati zoo.arff (fornito come esempio nel framework) e scegliere come valutatore per gli attributi il meotodo InfoGainAttributeEval che calcola, per ogni attributo, il guadagno di informazione.
Ricordiamo che

InfoGain(Attr)=H(Class) - H(Class|Attr)
GainRatio(Attr)=InfoGain(Attr)/H(Attr)

    === Attribute Selection on all input data ===
Search Method:
    Attribute ranking.
Attribute Evaluator (supervised, Class (nominal): 18 type):
Information Gain Ranking Filter


Ranked attributes:
2.3906 1 animal
1.3108 14 legs
0.9743 5 milk
0.8657 9 toothed
0.8301 4 eggs
0.7907 2 hair
0.7179 3 feathers
0.6762 10 backbone
0.6145 11 breathes
0.5005 15 tail
0.4697 6 airborne
0.4666 13 fins
0.3895 7 aquatic
0.3085 17 catsize
0.1331 12 venomous
0.0934 8 predator
0.0507 16 domestic


Selected attributes: 1,14,5,9,4,2,3,10,11,15,6,13,7,17,12,8,16 : 17

Per ogni attributo viene visualizzato un punteggio: in questo caso è il gudadagno di informazione, a partire dall‘attributo che ha il guadagno maggiore fino a quello che ha il guadagno minore. Normalmente tutti gli attributi vengono selezionati, indipendentemente dal valore del punteggio. Tuttavia, modificando i parametri del metodo di ricerca Ranker, è possibile cambiare il comportamento:

  • numToSelect: se viene impostato al valore n positivo, indica che si vogliono selezionare solo i primi n attributi in ordine di rilevanza. Se è impostasto a un valore negativo, la selezione avviene in base al valore di soglia di cui si parla qui sotto.
  • threshold: se numToSelect è negativo, vengono selezionati gli attributi con ranking superiore a questa soglia.

Algoritmi di preprocessamento

In Weka sono disponibili numerosi algoritmi di filtraggio; questi sono accessibili attraverso l‘Explorer, il Knowledge Flow e l‘Experimenter. Tutti i filtri trasformano il set di dati in qualche modo. Scegliendo il filtro con il bottone "choose" dall‘interfaccia dell‘explorer, Weka mostra 2 macrotipologie di filtri:

  • Supervisionati: esiste un attributo speciale, l‘attributo classe, che viene usato per guidare le operazioni di filtraggio;
  • Non Supervisionati (il processo di training avviene in modo automatico): tratta tutti gli attributi allo stesso modo.

Esempi di filtri supervisionati presenti in Weka sono i seguenti

  • AddCluster: aggiunge un nuovo attributo che rappresenta la classe assegnata ad ogni istanza da un algoritmo di clustering;
  • Discretize: discretizza un attributo con il metodo dell‘equi-widht o equi-depth binning;
  • Normalize: normalizza col metodo min-max, restringendo tutti gli attributi numerici all‘intervallo 0-1;
  • Numeric Transform: applica una generica funzione matematica a determinati attributi;
  • Replace Missing Values: rimpiazza tutti i valori mancanti con la moda dell‘attributo (se si tratta di attributi nominali) o la media (per attributi numerici);
  • Standardize: normalizza con il metodo z-score tutti gli attributi numerici;
  • Resample: campionamento semplice con rimpiazzamento dei dati.

Esempi di filtri non supervisionati presenti in Weka sono

  • Discretize: discretizza gli attributi convertendoli da numerici a nominali;
  • Resample: campionamento con rimpiazzamento dei dati; può funzionare come il metodo non supervisionato oppure è in grado di effettuare il campionamento in modo che l‘attributo classe abbia una distribuzione uniforme: ciò avviene impostando a 1.0 il valore dell‘attributo biasToUniformClass.

Algoritmi per la classificazione

Nel pannello "Classify" dell‘explorer è possibile selezionare un algoritmo di classificazione; essi sono suddivisi in

  • Bayesian Classifier: classificatori basati sulla stima bayesiana;
  • Trees: classificatori basati su alberi di decisione;
  • Rules: classificatori che generano regole di decisione per discriminare le classi del dominio;
  • Functions: classificatori che possono che possono assumere una formulazione matematica;
  • Lazy classifier: classificatori che apprendono sullo spazio delle istanze, fornendo la classe solo al momento della classificazione (approccio pigro);
  • Miscellaneous: classificatori non apparenenti a nessuno dei punti elencati.

Analizziamo un insieme di dati zoo.arff con i vari metodi di classificazione conosciuti.
Prima di effettuare le varie analisi, discretizziamo il set di dati usando il filtro supervisionato Discretize. In questo modo possiamo utilizzare anche algoritmi che funzionano solo su dati discreti.

Classificatore ZeroR

Viene selezionata come predizione la classe più frequente nel set di dati. Equivale a un albero di classificazione di altezza 0.
Accuratezza = 41%

Notare che per ZeroR (e per tutti gli algoritmi di classificazione) è possibile ottenere uno scatter plot, ma con in più l‘indicazione se l‘istanza è classificata correttamente oppure no.
Istanza classificate correttamente sono marcate con ‘+‘, mentre le istanze classificate non correttamente sono classificate con un quadratino.

J48 e ID3

Genera un albero di classificazione.
Accuratezza: 89%

Naive Bayes

Utilizza il metodo bayesiano con incremento dei contatori di 1, in modo da evitare i problemi che sorgono con probabilità  nulle.
Accuratezza: 93%

BayesNet

Ã? un metodo per apprendere reti bayesiane. La struttura della rete può essere fissata o può essere appresa dall‘algoritmo, e si possono modificare sia l‘euristica usata per la ricerca della struttura della rete, sia il metodo usato per stimare le probabilità  condizionate.
Accuratezza: 95%

IDk

Implementa il metodo "k-NN". Ã? possibile selzionare il valore di k e se si vuole che le istanze siano pesate a seconda della distanza.
Accuratezza: K=1 --> 96% K=5 --> 93%

La struttura di Weka

Abbiamo spiegato come invocare il filtraggio (preprocessamento/selezione) e gli schemi di apprendimento con l‘interfaccia Explorer; ma per capire a fondo come lavorano gli algoritmi all‘interno di Weka dobbiamo esaminare la sua struttura.

Il package weka.core è il nucleo del framework; le classi chiave di weka.core sono:

  • Attribute: rappresenta un attributo e contiene il nome dell‘attributo, il tipo e ,nel caso di attributo nominale, i suoi possibili valori;
  • Instance: contiene il valore dell‘attributo di una particolare istanza;
  • Instances: un oggetto di una classe Instances contiene un insieme ordinato di istanze, in altre parole un dataset.

Il package weka.classifiers contiene gli algoritmi di classificazione e predizione numerica. La classe più importante contenuta nel package è Classifier, la quale definisce la struttura generale di ogni schema di classificazione o di predizione numerica. Classifier contiene tre metodi ereditati in ogni classe che la estende:

buildClassifier(Instances instances): genera/addestra il classificatore;
classifyInstance(Instance instance): classifica un‘instanza attraverso il metodo distributionForInstance;
distributionForInstance(Instance instance): calcola le probabilità  di appartenenza dell‘istanza alle classi definite.

A titolo di esempio mostriamo i metodi del classificatore DecisionStump:

void			buildClassifier(Intances instances)
double[] distributionForInstance(Instance instance)
java.lang.String globalInfo()
static void main(java.lang.String[] argv)
java.lang.String toSource(java.lang.String className)
java.lang.String toString()

Notiamo che vengono sovrascritti i metodi buildClassifier e distributionForInstance e che il metodo classifiyInstance di Classifier utilizza distributionForInstance.

Per capire a fondo come utilizzare uno dei classificatori utilizzando le librerie messe a disposizione (weka.jar dalla root della directory di installazione) direttamente da codice java, mostriamo un frammento di codice: ipotizziamo di avere delle stringhe che rappresentano il DNA umano, e di voler identificare (dopo un training adeguato) due classi, che abbiamo logicamente rappresentato come N e notN.

...


public class BioClassifier implements Serializable {
private Instances m_Data = null;
private StringToWordVector m_Filter = new StringToWordVector();
private Classifier m_Classifier = null;
private boolean m_UpToDate;
private static final String N = "N";
private static final String NOTN = "notN";


...



Nella dichiarazione delle variabili di istanza notiamo il filtro non supervisionato StringToWordVector. Tale filtro svolge la funzione di trasformazione della stringa in un vettore di occorrenze di item identici presenti negli attributi analizzati.
Con le costanti N e notN identifichiamo le 2 possibili classi di appartenenza.

...


public BioClassifier() throws Exception {
m_Classifier = new Id3();
String nameOfDataset = "BioInformaticsProblem";
FastVector attributes = new FastVector(2);
attributes.addElement(new Attribute("dna", (FastVector)null));
FastVector classValues = new FastVector(2);
classValues.addElement(N);
classValues.addElement(NOTN);
attributes.addElement(new Attribute("Class", classValues));
// ipotizziamo 100 elementi nel vettore
m_Data = new Instances(nameOfDataset, attributes, 100);
m_Data.setClassIndex(m_Data.numAttributes() - 1);
}
...

Nel costrutture inizializziamo il classificatore con un albero di decisione Id3. Notiamo inoltre che la penultima istruzione identifica il numero di attributi del pattern valorizzato a 100.

...


public void trainN(String dna) throws Exception {
train(dna,N);
}
public void trainNotN(String dna) throws Exception {
train(dna,NOTN);
}
private void train(String dna, String classValue) throws Exception {
Instance instance = makeInstance(dna, m_Data);
instance.setClassValue(classValue);
m_Data.add(instance);
m_UpToDate = false;
}


...



Il metodo train aggiunge semplicemente un‘istanza, con la relative classe di appartenenza, al set di dati da analizzare.

...
public String classify(String dna) throws Exception {
if (m_Data.numInstances() == 0) {
throw new Exception("No classifier available.");
}
if (!m_UpToDate) {
m_Filter.setInputFormat(m_Data);
Instances filteredData = Filter.useFilter(m_Data, m_Filter);
m_Classifier.buildClassifier(filteredData);
m_UpToDate = true;
}
Instances testset = m_Data.stringFreeStructure();
Instance instance = makeInstance(dna, testset);
m_Filter.input(instance);
Instance filteredInstance = m_Filter.output();
double predicted = m_Classifier.classifyInstance(filteredInstance);
return (m_Data.classAttribute().value((int)predicted));
}
private Instance makeInstance(String text, Instances data) {
Instance instance = new Instance(2);
Attribute messageAtt = data.attribute("dna");
instance.setValue(messageAtt, messageAtt.addStringValue(text));
instance.setDataset(data);
return instance;
}
...

Durante la prima classificazione, il metodo classify, addestra lo schema di apprendimento e restituisce la stringa della classe ritrovata classificazione.

Conclusioni

In questo articolo abbiamo analizzato le fasi del Knowledge Discovery in Data e il modo in cui queste vengono trattate all‘interno del framework Weka. L‘analisi è passata infine alla struttura delle librerie di Weka che permettono di intefacciarci agli schemi di classificazione. Nel prossimo articolo esamineremo come implementare un nostro classificatore da aggiungere al framework.

Riferimenti

[1] I. Witten - E. Frank, "Data Mining: Practical Machine Learning Tools and Techniques with Java Implementation", Morgan Kauffman, 2005

[2] Sito ufficiale Weka
http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/

[3] Weka su Sourceforge
http://sourceforge.net/projects/weka/

[4] Paolo Giudici, "Data Mining - Metodi informatici, statistici e applicazioni", McGraw-Hill 2005

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Pubblicato nel numero
117 aprile 2007
Claudio Biancalana è dottorando in Ingegneria Informatica presso il Dipartimento di Informatica e Automazione dell‘Università degli Studi Roma Tre. L‘attività di ricerca scientifica svolta finora ha riguardato l‘Intelligenza Artificiale e la Categorizzazione Automatica di Testi (ATC, Automated Text Categorization). Dal 2003 collabora attivamente presso il laboratorio di Intelligenza Artificiale dell‘Università…
Francesco Saverio Profiti ha conseguito la laurea in Ingegneria Informatica presso l‘Università degli Studi Roma Tre nel 2003. Durante la sua carriera lavorativa si è occupato, prima da programmatore, poi da analista e infine da architetto di applicazioni di classe enterprise sia in ambiente Java EE sia in ambiente .NET.…
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